По инициативе Министерства народного образования РБ, министра Гарданова Р.Т., зам. министра Бирюкова М.И., начальника отдела специального образования Ямиловой З.М. подготовлен документ об открытии постоянно действующих ПМПК. (Постановление Совета Министров РБ №234 от 15.07.1992г.)
12 мая 1999 года Кабинетом Министров РБ утверждено Положение о межведомственных ПМПК. Согласно Положению в Республике Башкортостан функционировали 13 ПМПК, в 2002г. их стало 16.
Республиканская психолого-медико-педагогическая консультация была открыта 1 апреля 1993года для координации деятельности зональных ПМПК, проведения экспертизы в сложных и конфликтных случаях.

В 2002 г. Кабинетом Министров в Положение о межведомственной, ПМПК были внесены следующие изменения: название «консультации» изменено на «комиссии». При ГБУ  РПМПК открыт диагностический центр для детей-сирот.

В целях повышения эффективности использования бюджетных средств Республики Башкортостан Правительство Республики Башкортостан приняло решение о реорганизации зональных ПМПК (Распоряжение №474-р от 29.05.2017г.). Во исполнение распоряжения Правительства Республики Башкортостан от 29 мая 2017 года №474-р министром образования Республики Башкортостан Шафиковой Г.Р. подготовлен документ о реорганизации ПМПК (Приказ Министерства Образования Республики Башкортостан №780 от 16.06.2017 г. ).

Государственное бюджетное учреждение Республики Башкортостан Республиканский центр психолого-педагогической, медицинской и социальной помощи (далее — Учреждение) создано в соответствии с распоряжением Правительства Республики Башкортостан от 30 июля 2019 года № 797-р путем изменения типа государственного казенного учреждения Республиканская психолого-медико-педагогическая комиссия и является его правопреемником.

В настоящее время за организацией закреплены дети от 0 до 18 лет Республики Башкортостан.
Организация является высшей республиканской консультативно-диагностической службой, учет рекомендаций которой обязателен для зональных психолого- медико-педагогических комиссий.
Психологическая служба в системе образования представлена трехуровневой структурой:
— 16 ПМПК, которые выполняют функции диагностических центров (1 ПМПК обслуживает до 100 тыс. детского населения);
— психологические службы различных ведомств, которые оказывают помощь на местах;
— консилиум образовательного учреждения.